Les structures de l’université contemporaine mise en place au début du XIXe siècle s’avèrent particulièrement rigides et contraignantes, rendant nécessaire l’invention de nouveaux espaces, extérieurs, au sein desquels il est possible de mettre en œuvre des innovations en matière d’enseignement et de recherche. Cette tension s’observe aussi bien en 1868 avec la mise en place de l’Ecole pratique des hautes études que dans le renforcement de l’ANR depuis les 10 dernières années. Cette présentation veut proposer une analyse structurelle de ce cadre de contraintes et interroger son actualité, en reprenant leurs grandes étapes de l’histoire du système d’enseignement supérieur et de recherche depuis un siècle, jusqu’aux réformes récentes. On reviendra ainsi sur la question de l’innovation dans l’ESR, de sa nature et de ses enjeux.